ABSTRACT
Com o propósito de determinar a relaçäo filogenética entre a cana-de-açúcar e membros da subtribo Saccharinae,a regiäo gênica nuclear ITS1-5,8S-ITS2 (ITS: espaçador interno transcrito; 5,8S: DNA ribossomal 5.8S), com alta taxa evolutiva, foi identificada no banco de dados do projeto genoma "Sugarcane Expressed Sequence Tag" (SUCEST). Uma análise através do método de parcimônia, utilizando esta regiäo e seqüências homólogas de 23 Andropogoneae retiradas da base de dados GenBank, indicou que a cana-de-açúcar é o grupo-irmäo de Saccharum sinense. No entanto, devido à pequena quantidade de caracteres informativos para parcimônia e à homoplasia presentes na regiäo ITS1-5,8S-ITS2, näo foi possível determinar com segurança a relaçäo filogenética entre a cana-de-açúcar e alguns dos demais membros da tribo Saccharine. Como alternativa para esta baixa resoluçäo, dezessete regiões gênicas nucleares, cloroplasmáticas ou mitocondriais foram selecionadas a partir do banco de dados SUCEST com o objetivo de encontrar marcadores mais apropriados para a reconstruçäo da filogenia da cana-de-açúcar. Entre elas, aquelas correspondentes à alfa-tubulina, rpl16, a rpoC2 apresentaram baixa incidência de polimorfismo e taxas de evoluçäo equivalentes ou mesmo maiores do que a observada para a regiäo ITS1-5,8S-ITS2. Estes marcadores säo propostos como preferenciais para estudos filogenéticos da subtribo Saccharinae.